Mediante un “motu proprio” (documento papal), Francisco modificó el Código Penal del Vaticano. Entre los cambios impulsados está la precisión y agravamiento de penas para delitos de reclutamiento, violencia sexual, pornografía infantil y pedofilia. También se aumentaron las sanciones por corrupción y lavado de activos, y se abolió la cadena perpetua. Todo rige desde septiembre de 2013 para funcionarios del Vaticano y la curia, nuncio apostólico y los empleados de organismos relacionados a la Santa Sede.
El trámite de nulidad del matrimonio eclesiástico es más ágil, simple y gratuito desde la reforma aprobada por el Papa Francisco en 2015. También mediante un "motu proprio", el Pontífice introdujo una nueva normativa que establece que sólo se debe realizar una sola sentencia a favor de la nulidad ejecutiva y que no sea necesaria una doble decisión. Hasta entonces, el Derecho Canónico exigía que cada causa fuese analizada por dos tribunales en instancias sucesivas, para ser confirmada.
En octubre de 2016, la Iglesia bajo la aprobación del Pontífice, prohibió esparcir las cenizas de los difuntos y también que éstas sean conservadas en una casa o residencia. En el documento se establece que la cremación está permitida pero las cenizas del difunto deben ser resguardadas en un "un lugar sagrado". Se podrá negar el funeral a quienes no cumplan con la normativa. La autoridad religiosa argumentó que no se pueden permitir "actitudes y rituales que impliquen conceptos erróneos de la muerte".
Durante su exhortación apostólica sobre la familia de abril de 2016, Amoris Laetitia (alegría del amor), el Papa le recalcó a las personas divorciadas que viven en nueva unión que son parte de la Iglesia y "no están excomulgadas", por lo que "no son tratadas como tales". Con ello, causó gran polémica entre cardenales más conservadores, que cuestionaron la apertura argumentando que quienes se encuentran en dicha situación irregular cometen adulterio y contradicen el sacramento del matrimonio.
En noviembre del año pasado, Jorge Bergoglio concedió a los sacerdotes "la facultad de absolver a quienes hayan procurado el pecado del aborto" y estén arrepentidos, sin que tengan que disponer antes de autorización de un obispo o del propio Pontífice, como ocurría hasta entonces. En la carta apostólica Misericordia et misera extendió en el tiempo la medida que había sido habilitada por él mismo meses antes, pero que en un comienzo sólo se había planteado de forma temporal.
Su último cambio relevante fue este martes, cuando aprobó que el ofrecer libremente la vida por los demás hasta la muerte, sea una de las razones para que se le pueda abrir un proceso de beatificación y posterior canonización a una persona. Para que ello ocurriera, antes se necesitaba ser ejemplo de "martirio", es decir, asesinato por odio a la fe; de declaración de "virtudes heroicas"; o el haber tenido una reputación inmaculada.