El Instituto Nacional de Investigación Espacial de Brasil, una agencia estatal, reportó un incremento de dos dígitos en la deforestación de la región de la Amazonas en el último cuadrimestre de 2018. Citando el aparente poco compromiso de Brasil en la lucha contra la deforestación, la ministra de Medio Ambiente de Alemania, Svenja Schulze, decidió congelar unos 35 millones de euros (39 millones de dólares) enmarcados en proyectos de sustentabilidad en los bosques brasileños. Días después, Noruega también suspendió su participación en el Fondo del Amazonas, un proyecto basado en donaciones para luchar contra la deforestación de la vasta selva, añadiendo otros 33 millones de dólares al monto que Brasil dejó de percibir. Desde que este fondo fue creado en 2008, los noruegos han aportado US$ 1.200 millones.
Reaccionando ante estas noticias, Bolsonaro dijo que Brasil no necesita de ayuda extranjera y advirtió a Noruega que "tomaran su dinero" e intentaran ayudar a la canciller Angela Merkel para "reforestar Alemania". Gobernadores estatales de áreas donde está el Amazonas, en tanto, han salido en contra de los dichos de Bolsonaro, subrayando la importancia de los aportes extranjeros para la región.
Alemania y Francia también están sopesando usar la ratificación del acuerdo comercial entre la Unión Europea y los países del Mercosur para presionar a Brasil, para que cumpla con sus compromisos medioambientales enmarcados en el Acuerdo Climático de París.
Durante la campaña presidencial, Bolsonaro dijo que seguiría los pasos de su par estadounidense Donald Trump y dejaría el Acuerdo de París. Justo antes de la elección, dio pie atrás y dijo que se mantendría en tanto la soberanía de Brasil en el Amazonas no fuese amenazada o desafiada.
Grupos ambientalistas dicen que el apoyo público de Bolsonaro al Acuerdo de París es insuficiente, ya que sus planes de abrir el Amazonas a planes de desarrollo harían imposible que Brasil alcance sus objetivos de reducción de emisiones en los próximos años. La nación sudamericana acoge cerca del 60% del bosque nativo del Amazonas, una preservación que según los científicos es crucial en los esfuerzos por desacelerar el cambio climático.
Durante la campaña presidencial, el entonces candidato Bolsonaro dijo que si resultase electo, "ningún centímetro" más de tierra sería demarcado para reservas indígenas. A horas de asumir la presidencia, emitió una serie de decretos que sus críticos han dicho que benefician a sus aliados en la bancada pro desarrollo rural.
Bolsonaro transfirió la responsabilidad de delinear los territorios indígenas desde el Ministerio de Justicia al de Agricultura, lo que un legislador describió como "dejar que el zorro se haga cargo del gallinero". El decreto también transfirió la agencia de asuntos indígenas desde Justicia y a la nueva cartera de la Familia, Mujer y Derechos Humanos, que es encabezada por una pastora evangélica ultraconservadora. Sin embargo, la justicia brasileña revirtió el decreto.
Las designaciones ministeriales de Bolsonaro están en línea con su promesa de campaña de ayudar a los negocios a extender sus operaciones en Brasil, incluyendo sus zonas protegidas.
Su ministra de Agricultura es Tereza Cristina, que era parte de la poderosa bancada de la agroindustria en el Congreso y se ha opuesto a solicitudes de comunidades indígenas.
El ministro de Medio Ambiente, Ricardo Salles, escribió en 2018 en la publicación en línea "Medium", que la agroindustria en Brasil estaba "bajo amenaza". Una corte de Sao Paulo condenó a Salles el año pasado por fraude, al modificar un plan de protección ambiental en favor de intereses de la industria minera, mientras ocupaba el cargo de ministro de Medio Ambiente en el estado de Sao Paulo entre 2016 y 2018.
El Ministrio de Relaciones Exteriores, Ernesto Araujo, ha escrito en su blog que el cambio climático es un "dogma" usado por la izquierda para fomentar el crecimiento de China, y dijo que quería "ayudar a Brasil y al mundo a liberarse de la ideología globalista".
En noviembre de 2018, luego de que el nuevo gobierno fuese elegido, pero antes de que iniciara su gestión, el entonces canciller brasileño decidió retirar la oferta de acoger la conferencia de cambio climático de Naciones Unidas en 2019. El secretario de Estado adució "restricciones fiscales y presupuestarias actuales", pero activistas y grupos ambientalistas consideraron que era un guiño a Bolsonaro. Inicialmente, el ministro de Medio Ambiente, Ricardo Salles, también canceló una reunión de trabajo preparatoria previa de la ONU, que se desarrolla esta semana en Salvador. Sin embargo, ante presiones del alcalde de la ciudad, la actividad de una semana eventualmente se mantuvo. Salles de hecho se espera que asista.