La Reforma Procesal Penal comenzó a aplicarse en el año 2000 en varias partes del país. La región de Coquimbo fue una de las primeras zonas donde se implementó y también se produjo una de las primeras polémicas. Fue en diciembre de 2001, cuando el juez de Garantía de La Serena Tomás Grey declinó dejar en prisión a Armando Tapia, acusado del incendio en un convento, el que terminó con la muerte de una religiosa. El problema era que la casa del imputado estaba cerca del recinto siniestrado. La decisión fue criticada por parlamentarios y abogados de la zona.
En mayo de 2007, el juez por Arica Francisco Vargas recibió duras críticas por parte del senador de la UDI Jaime Orpis, quien reveló que éste había dejado en libertad condicional a cientos de acusados por narcotráfico. En la época, el parlamentario sostuvo que decenas de las determinaciones adoptadas por el magistrado fueron revocadas por la Corte de Apelaciones de la ciudad. Al legislador se sumó el fiscal jefe de Arica de la época, Manuel González, quien manifestó su preocupación y aseguró que por esa razón había recurrido a todos los fallos del juez Vargas.
Un grave ataque con una bomba molotov sufrió un sargento de Carabineros durante una protesta estudiantil, ocurrida en julio de 2011 en la capital. Por esos hechos fue detenido Francisco Javier Moreno Orellana, quien fue sindicado como el autor del hecho por parte de varios testigos. Pese a ello, el juez de Garantía Diego Muñoz decidió dejarlo en libertad, pero con la prohibición de abandonar el país, participar en marchas y firma semanal. La resolución del magistrado causó duras críticas en el mundo político, entre ellos del diputado de la UDI Gustavo Hasbún, quien lo tildó de "descriteriado".
El año 2012, la Corte de Apelaciones de Santiago revocó la decisión del juez de Garantía Cristián Sánchez, quien había dejado en libertad a 11 integrantes de una banda de peruanos que cometió una serie de asaltos en la capital, bajo el argumento de que el procedimiento policial tenía falencias. En el año 2008, el mismo magistrado dejó libres a cinco sujetos que habían arrancado un cajero automático en Pudahuel. La resolución también fue revertida por el tribunal de alzada, que argumentó que la decisión del magistrado no había sido "razonable" ni "prudente".
Una de las últimas polémicas judiciales fue la ocurrida en diciembre de 2013, cuando el juez de Garantía Daniel Urrutia rechazó dejar en prisión preventiva a Catalina Castillo Jara, quien fue detenida por agredir y escupir al ex presidente Sebastián Piñera, cuando éste asistió al velorio del sacerdote Alfonso Baeza. En la oportunidad, el magistrado decidió dejar a la mujer sin medidas cautelares y le ordenó el pago de una multa de 13 mil pesos. El dictamen fue ampliamente criticado. La Fiscalía consideró que la mujer incurrió en "un atentado grave contra la máxima autoridad de la República".