Junto con cuestionar que el proyecto fue elaborado "entre cuatro paredes", sin considerar la opinión de los estudiantes, la principal crítica de los universitarios es que no sanciona el lucro con cárcel (sólo establecería sanciones administrativas) ni prohíbe esa práctica en todos los institutos profesionales y centros de formación técnica. También rechazan que la gratuidad universal esté sujeta al crecimiento económico del país, como ha adelantado la ministra de Educación. A eso se suman críticas al financiamiento y falta de medidas para permitir la democracia al interior de las universidades.
Pese a que en un principio apoyaban el proyecto, esta semana, tras conocer más detalles, dieron un giro y le quitaron su respaldo. Afirman que no hay un "trato preferente" para las universidades estatales, como se había prometido, (pese a que el Gobierno insiste que sí hay un trato especial) y critican que se siga financiando "el mercado universitario privado" con fondos estatales, lo que a su juicio consolida la "mercantilización" del sistema de educación superior chileno. También cuestionan que no se incluya ninguna medida para aumentar la matrícula de las universidades estatales.
Las nueve universidades no estatales del Consejo de Rectores aseguran que el proyecto de ley las "ignora" y "discrimina", ya que esas instituciones no aparecen mencionadas entre las prioridades de la reforma. En lo concreto, critican que se omita un apoyo estatal a esas instituciones en términos de financiamiento, pese a que también cumplen un rol público. También rechazan que el Estado regule los aranceles de las universidades que tengan gratuidad.
Critican el "exceso de regulaciones" que, a su juicio, se imponen a las universidades, lo que afectaría su "autonomía". Rechazan además que el Estado fije los aranceles de todos los planteles que tengan alumnos con becas y créditos fiscales, como el CAE, lo que afecta a la mayoría de éstas. Aseguran que eso repercutirá en que reciban menos recursos, afectando la calidad de la enseñanza.