La forma en que se entregan las pensiones de gracia y a quiénes se les otorga, cuya atribución es exclusiva del Presidente de la República, ha generado gran controversia el último tiempo, e incluso en algunos casos el Ejecutivo ha debido revocar el beneficio. Una fiscalización realizada por el Consejo para la Transparencia (CPLT) a las pensiones de gracia otorgadas por la Subsecretaría del Interior y del Instituto Nacional de Derechos Humanos (INDH), entre enero de 2021 y febrero del 2024, estableció un total de 782 actos emitidos durante el período. Junto a ello, tomando una muestra de 175 actos de 2023 que conceden el beneficio, se contabilizaron 630 beneficiarios, de los cuales hay 278 (44%) en que no se indica el criterio de asignación.