En la primera fase, que se disputará sin los equipos brasileños y argentinos, los choques fueron determinados por la proximidad geográfica entre los países para evitar costos elevados en los viajes, determinándose en zona sur y zona norte, para la primera y la segunda ronda.
En la segunda fase ingresan los ocho equipos de Brasil, que se eliminarán entre sí, y lo mismo harán los seis de Argentina. Los ganadores de cada serie avanzarán a los octavos de final, donde ingresa también el campeón de la pasada edición: Universidad de Chile.
El elenco que se lleve el torneo se clasificará directamente a la Copa Libertadores (si no lo hizo antes), además de jugar por la Copa Suruga Bank en Japón y la Recopa Sudamericana, en todos los casos en 2013.
* Nota: En cada llave, el equipo ubicado en la primera línea es el que ejerce la localía en el partido de vuelta.
G | Partidos | Ida | Vuelta |
G44 | Millonarios | ![]() |
vs. | ![]() |
Tigre | 0 - 0 | 1 - 1 |
G45 | Sao Paulo | ![]() |
vs. | ![]() |
U. Católica | 1 - 1 | 0 - 0 |
G | Partidos | Ida | Vuelta |
G1 | Inti Gas | ![]() |
vs. | ![]() |
Millonarios | 0 - 0 | 0 - 3 |
G2 | Emelec | ![]() |
vs. | ![]() |
Universidad San Martín | 1 - 0 | 1 - 1 |
G3 | La Equidad | ![]() |
vs. | ![]() |
Mineros de Guayana | 0 - 1 | 1 - 2 |
G4 | Deportivo Táchira | ![]() |
vs. | ![]() |
Barcelona SC | 0 - 0 | 1 - 5 |
G5 | Deportes Tolima | ![]() |
vs. | ![]() |
Deportivo Lara | 3 - 1 | 0 - 0 |
G6 | Deportivo Quito | ![]() |
vs. | ![]() |
León de Huánuco | 1 - 0 | 3 - 2 |
G7 | Unión Comercio | ![]() |
vs. | ![]() |
Envigado | 0 - 0 | 0 - 2 |
G8 | Monagas | ![]() |
vs. | ![]() |
Liga de Loja | 0 - 2 | 2 - 4 |
G | Partidos | Ida | Vuelta |
G9 | Danubio | ![]() |
vs. | ![]() |
Olimpia | 0 - 0 | 1 - 2 |
G10 | Deportes Iquique | ![]() |
vs. | ![]() |
Nacional | 2 - 0 | 0 - 4 |
G11 | Blooming | ![]() |
vs. | ![]() |
Universidad Católica | 1 - 1 | 0 - 3 |
G12 | Guaraní | ![]() |
vs. | ![]() |
Oriente Petrolero | 0 - 1 | 2 - 1 |
G13 | Liverpool | ![]() |
vs. | ![]() |
Universitario de Sucre | 3 - 0 | 2 - 1 |
G14 | Aurora | ![]() |
vs. | ![]() |
Cerro Largo | 2 - 1 | 0 - 0 |
G15 | Tacuary | ![]() |
vs. | ![]() |
Cobreloa | 0 - 1 | 1 - 1 |
G16 | O'Higgins | ![]() |
vs. | ![]() |
Cerro Porteño | 3 - 3 | 0 - 4 |
G | Partidos | Ida | Vuelta |
G17 | Guaraní | ![]() |
vs. | ![]() |
Millonarios | 2 - 4 | 1 - 1 |
G18 | Bahía | ![]() |
vs. | ![]() |
Sao Paulo | 0 - 2 | 0 - 2 |
G19 | Envigado | ![]() |
vs. | ![]() |
Liverpool | 1 - 1 | 0 - 1 |
G20 | Argentinos Juniors | ![]() |
vs. | ![]() |
Tigre | 1 - 2 | 1 - 4 |
G21 | Mineros | ![]() |
vs. | ![]() |
Cerro Porteño | 2 - 2 | 0 - 4 |
G22 | Atlético Goianiense | ![]() |
vs. | ![]() |
Figueirense | 1 - 1 | 1 - 1 |
G23 | Olimpia | ![]() |
vs. | ![]() |
Emelec | 0 - 1 | 0 - 0 |
G24 | Gremio | ![]() |
vs. | ![]() |
Coritiba | 1 - 0 | 2 - 3 |
G25 | Cobreloa | ![]() |
vs. | ![]() |
Barcelona | 0 - 0 | 3 - 4 |
G26 | Universidad Católica | ![]() |
vs. | ![]() |
Deportes Tolima | 2 - 0 | 1 - 3 |
G27 | Colón | ![]() |
vs. | ![]() |
Racing Club | 3 - 1 | 3 - 1 |
G28 | Deportivo Quito | ![]() |
vs. | ![]() |
Aurora | 2 - 1 | 3 - 1 |
G29 | Boca Juniors | ![]() |
vs. | ![]() |
Independiente | 3 - 3 | 0 - 0 |
G30 | Liga de Loja | ![]() |
vs. | ![]() |
Nacional | 0 - 1 | 2 - 1 |
G31 | Palmeiras | ![]() |
vs. | ![]() |
Botafogo | 2 - 0 | 1 - 3 |
G | Partidos | Ida | Vuelta |
G32 | Millonarios | ![]() |
vs. | ![]() |
Palmeiras | 1 - 3 | 3 - 0 |
G33 | Gremio | ![]() |
vs. | ![]() |
Barcelona | 1 - 0 | 2 - 1 |
G34 | Tigre | ![]() |
vs. | ![]() |
Deportivo Quito | 0 - 2 | 4 - 0 |
G35 | Cerro Porteño | ![]() |
vs. | ![]() |
Colón | 2 - 1 | 1 - 2 |
G36 | Sao Paulo | ![]() |
vs. | ![]() |
Liga de Loja | 1 - 1 | 0 - 0 |
G37 | Emelec | ![]() |
vs. | ![]() |
Universidad de Chile | 2 - 2 | 0 - 1 |
G38 | Liverpool | ![]() |
vs. | ![]() |
Independiente | 1 - 2 | 1 - 2 |
G39 | Atlético Goianiense | ![]() |
vs. | ![]() |
Universidad Católica | 0 - 2 | 3 - 1 |