La arquidiócesis de Valladolid, apoyada por el gobierno de Francisco Franco, inició causa de beatificación de Isabel I en 1958. Catorce años más tarde la comisión investigadora envió a Roma la Positio histórica que comprendía 3.160 documentos. Sin embargo el Vaticano no aceptó estudiarla hasta 1992 por la polémica que rodeaba la figura de la Reina. Mientras para los impulsores es fundamental el aporte de Isabel de Castilla en la propagación del cristianismo en América y su vida apegada a la religión, hay quienes piensan que la expulsión de los judíos y la revitalización de la Inquisición son razones suficientes para no beatificarla. Además, el régimen de Franco utilizó la figura de la Reina como símbolo imperial y justificación del nacional-catolicismo. El paralelismo establecido entre ellos -ambos defensores de la fe y aferrados al poder con guerra civil de por medio- causa repudio entre muchos sectores de la sociedad, lo que no ayuda a Isabel a llegar a los altares. Para reactivar el proceso, en 1990 se publicó un libro que resume las cualidades de la Reina que se enviaron a Roma. En 1991 el Gobierno español decidió tomarse el tiempo para reflexionar sobre ciertos aspectos relacionados con las complejas causas históricas y no con la expulsión de los judíos según explicara a la prensa el jubilado arzobispo José Delicado. En 1991 se intentó acelerar el proceso para hacer coincidir la beatificación con el Quinto Centenario del descubrimiento de América (1992), pero la Santa Sede, que ya preparaba su "mea culpa" ante la comunidad judía, prefirió dejar el tema archivado. En noviembre de 2002, tras la presentación de documentos para revitalizar la causa, por parte de algunos obispos españoles, el Vaticano decidió paralizar el proceso. Al respecto, monseñor Flavio Capucci,impulsor de la causa de José María Escrivá de Balaguer, aseguró que "un santo es un modelo para todos los cristianos, nunca una figura problemática y conflictiva". Hace un año, en noviembre de 2003, en la Casa de América, en Madrid, el Arzobispado de Valladolid entregó a los embajadores latinoamericanos la edición en facsímil del testamento de la monarca, en el que exige a sus herederos mantener la unidad de la fe en España y la defensa de los derechos de los indígenas. Paralelamente, el Papa recibió volúmenes con las 105.600 cartas que piden la beatificación de la soberana.