Al volver, Cynthia le comunicó que estaba embarazada; no quiso separarse más de John y le propuso matrimonio, que se celebró 23 de agosto de 1962 en la oficina del registro civil de Mount Pleasant. Algunos de los asistentes a la boda fueron Tony Powell, Paul, George Harrison y Brian Epstein.

Epstein, aunque les regaló un desayuno en un lujoso hotel y les prestó su departamento mientras lo necesitaran, insistió en que el matrimonio se mantuviera en secreto para no entorpecer la fama creciente de los Beatles.

El grupo ensayaba diariamente y Cynthia tenía problemas en el embarazo, por lo que el parto se adelantó. John Charles Julian Lennon nació el lunes 8 de abril de 1963 a las 7:45 horas en el Sefton General Hospital de Liverpool, el mismo centro médico donde su abuela Julia, ya cadáver, fue ingresada tras ser atropellada por un automóvil.
El parto, largo y doloroso, fue muy complicado, pues el pequeño venía con el cordón umbilical enrollado en el cuello. Su padre, que se encontraba de gira, permaneció ajeno a estos problemas y no pudo viajar a Liverpool hasta una semana después. El primer nombre del recién nacido le fue puesto en honor de su progenitor, el segundo en memoria del padre de Cynthia y el tercero en recuerdo de la madre de John.