A partir de 1781, Mozart crea sus grandes obras operísticas, entre las que se destacan:
-"Idomeneo, rey de Creta" (1781): es considerada como una de las obras más excepcionales de Mozart, que le permitió surgir como un dramaturgo musical de categoría internacional. Al componerla, Wolfgang estuvo influenciado por Christoph Willibald Gluck, uno de los grandes reformadores de la ópera.
-"El rapto en el serrallo" (1782): la primera gran ópera cómica alemana, promovida y encargada en este idioma por José II de Austria para su Teatro Nacional de Ópera Cómica. En su momento no tuvo gran éxito, pero actualmente goza de fama mundial ya que Mozart fue uno de los pocos compositores que consiguió que la lengua germánica sonara melódica musicalmente.
-"Las bodas de Fígaro" (1786): basada en la obra del mismo título de Beaumarchais, fue escrita en italiano con libretos de Lorenzo da Ponte.
La ópera criticaba los privilegios de la aristocracia europea, la que se alarmó después de su estreno en París, pero al mismo tiempo hizo que se volviera más atractiva para el público.
Sin embargo, no asistieron a verla ni el sector de los aristócratas ni los amantes de la ópera italiana, lo que provocó que después de nueve presentaciones, fuera cancelada.
-"Don Giovanni" (1787): Esta obra, catalogada como un drama cómico, alcanzó un éxito grandioso en su estreno. Fue escrita en italiano con libretos de Lorenzo da Ponte y la historia gira en torno a un seductor en la Sevilla del siglo XVII.
-"Così fan tutte" (1790): Escrita en italiano con libretos de Lorenzo da Ponte, su traducción al español es "Así hacen todas" y trata sobre el amor, la infidelidad y los celos.
-"La flauta mágica" (1791): Fue la primera ópera seria alemana creada para las masas y es considerada para muchos una de las mejores obras de su género en la historia. El argumento recoge de forma simbólica los ritos e ideales masónicos que tanto Emmanuel Schikaneder, empresario teatral que redactó el libreto, como Mozart, compartían.
-"La Clemencia de Tito" (1791): Ópera en dos actos con libreto de Caterino Mazzola, se basó en el drama del mismo nombre del poeta italiano Pietro Metastasio. Fue escrita con motivo de la coronación del nuevo emperador Leopold II y su historia se desarrolla en la Roma imperial.
-"Réquiem" en Re menor, K.626 (1791): Misa de difuntos para orquesta, coro y solistas basada en los textos latinos utilizados en el rito católico.
Esta pieza musical fue encargada anónimamente por el conde por el Walsegg para los funerales de su esposa. Mozart murió obsesionado con este réquiem y no puedo concluirlo, pero su discípulo F.X. Süssmayr se encargó de terminarlo.