Su nombramiento llegó un día después de que la Cámara de Diputados acusara al Ejecutivo de quebrantar la Constitución y caer en la ilegalidad, exigiendo a los militares integrantes del gabinete que se retirasen del gobierno de la Unidad Popular e instando a las Fuerzas Armadas a poner fin a las permanentes violaciones a la constitucionalidad.

La caótica situación del país, la paralización total de sus actividades, los diarios enfrentamientos armados y la guerra civil que amenazaba a la nación provocaron el pronunciamiento militar, el bombardeo de La Moneda y el suicidio de Salvador Allende, después de que rechazara las ofertas que se le formularon para abandonar el país y rendirse.

El control del Gobierno pasó a manos de una Junta Militar encabezada por Pinochet, quien de esta manera se convirtió en el gobernante cuya estada en el poder es la más extensa en la historia republicana del país, seguida sólo de lejos por los presidentes Joaquín Prieto, Manuel Bulnes, Manuel Montt y Joaquín Pérez, cuyos mandatos duraron un decenio cada uno.

El 7 de septiembre de 1986, el entonces Presidente sufrió un atentado terrorista perpetrado por el Frente Manuel Rodríguez (FMR) en el sector de Achupallas, Cajón del Maipo, cuando la comitiva de automóviles donde viajaba desde su residencia de descanso fue atacada con rockets y ametralladoras.

Pinochet sufrió leves heridas en su mano izquierda, pero cinco de sus escoltas murieron. En los días siguientes, varios inculpados fueron detenidos.

El atentado marcó la culminación de la preparación terrorista, ya que el armamento usado era producto de un gigantesco contrabando de armas efectuado con el apoyo y financiamiento de Fidel Castro. Los arsenales, desembarcados clandestinamente, fueron hallados en la III Región el 15 de agosto, en una caleta ubicada en Carrizal Bajo, al sur de Copiapó.

El 5 de octubre de 1988, Pinochet fue derrotado en un plebiscito en el que se decidió la continuidad de su Gobierno. En la oportunidad, la opción "Sí" obtuvo un 43 por ciento y el "No" un 55, por lo que el Presidente tuvo que llamar a elecciones para el año siguiente.

Los comicios fueron ganados, con un 55,2 por ciento de los votos, por Patricio Aylwin Azócar, a quien entregó el mando en marzo de 1990. No obstante, Pinochet continuó a la cabeza del Ejército en plenitud.

Como máxima autoridad de la rama castrense, el ex general acató la jerarquía presidencial. Sin embargo, durante el mandato de Patricio Aylwin, el Ejército manifestó su descontento en dos oportunidades claves: el "ejercicio de enlace", en diciembre de 1990, y el "boinazo", en mayo de 1993.

El primer caso, tratado como una rutinaria maniobra militar, en realidad fue una expresión de rechazo del Ejército ante la eventual petición de renuncia a Pinochet por parte del ministro de Defensa, Patricio Rojas. Dicha posible solicitud habría estado motivada por las investigaciones judiciales a oficiales y por ataques de parlamentarios al comandante en Jefe y a la institución.

El "boinazo" consistió en un reforzamiento de la guardia del edificio de las Fuerzas Armadas por parte de un grupo especial de comandos, realizado durante una reunión del Cuerpo de Generales que se prolongó por ocho horas. La causa fue similar a la del anterior episodio. Ante la falta de comunicación entre el Ejecutivo y el Ejército, se buscó evitar lo que la rama castrense catalogó como una campaña en su contra.

Pinochet embarcó al Ejército en un proceso de modernización que se conoció como "Plan Alcázar", el que estaba regido por el concepto de "consolidar un Ejército profesional, tecnificado, flexible y potente".

Las innovaciones contempladas en el programa van desde modificaciones al uniforme hasta renovación del material bélico. Asimismo, los uniformados comenzaron a abrirse hacia el mundo civil, ingresando a las universidades y algunos alcanzando grados de magíster o doctor en áreas variadas, que van desde la administración hasta las relaciones internacionales, pasando por las Ciencias Políticas.