El 10 de marzo de 1998, Augusto Pinochet entregó el mando militar al general Ricardo lzurieta Caffarena, designado por el entonces Presidente de la República Eduardo Frei Ruiz-Tagle.

La elección del reemplazante causó sorpresa, ya que Izurieta fue seleccionado de una quina de nombres en la que figuraba en el último lugar.

Pese a la agitada sucesión del cargo -sobre todo por el veto presidencial al ascenso del brigadier Jaime Lepe, estrecho colaborador de Pinochet-, todos los sectores aprobaron la designación de Izurieta y el cambio generacional que supuso.

En el último gesto de la rama castrense hacia quien la encabezó por casi 25 años, el 6 de marzo de 1998 Pinochet fue nombrado "Comandante en Jefe Benemérito", título honorífico que grafica la lealtad del Ejército hacia su persona

De acuerdo con lo consagrado en la Constitución, el 11 de marzo de 1998 Pinochet juró como senador vitalicio en el Congreso Nacional.

En octubre del mismo año, durante un viaje a Londres, fue detenido por la policía a raíz de un juicio de extradición solicitado por el juez español Baltasar Garzón, quien intentó juzgarlo bajo los cargos de "genocidio, terrorismo y torturas", durante su régimen de Gobierno.

Liberado por razones de salud, tras un año y cinco meses de detención en Inglaterra volvió a Chile el 3 de marzo de 2000.

A su regreso debió enfrentar numerosas querellas presentadas en su contra ante los tribunales de Justicia. El 5 de junio, la Corte de Apelaciones resolvió -por 13 votos contra nueve- el desafuero del senador vitalicio, medida que fue ratificada por la Corte Suprema por 14 votos contra seis.

El 29 de enero de 2001, el juez Juan Guzmán Tapia lo sometió a proceso "como autor de delitos de secuestro y homicidio calificado" en el caso "Caravana de la Muerte", previa realización de exámenes médicos que comprobaron que su estado de salud le permitía enfrentar a la justicia.

El 8 de marzo del mismo año, por dos votos contra uno, la Corte de Apelaciones de Santiago confirmó la decisión del juez Guzmán pero cambió la tipificación del delito de "autor" a "encubridor" de dichos delitos.

Problemas de hipertensión, dentales y la diabetes que sufría, lo llevaron en diversas oportunidades a permanecer internado en el Hospital Militar e influyeron en que el juez Juan Guzmán Tapia no ordenara su filiación, trámite legal que se realiza a quienes son declarados reos.

Posteriormente, el 9 de julio de 2001, por dos votos contra uno, la Sexta Sala de la Corte de Apelaciones de Santiago, conformada por los ministros Amanda Valdovinos, Cornelio Villaroel y Hugo Dolmetsch, decidió sobreseer temporalmente a Augusto Pinochet por razones de salud.

Sin embargo, el proceso contra el senador vitalicio terminó definitivamente el 1 de julio de 2002, cuando la Segunda Sala Penal de la Corte Suprema decidió dictar su sobreseimiento definitivo, por estimar que la demencia vascular que sufría era irreversible.

Tres días después, Augusto Pinochet renunció a su cargo de senador vitalicio, oficializando de esta manera su retiro definitivo de la vida política.

Pinochet justificó la dimisión de su cargo en "problemas de salud insuperables y el implacable paso de los años" y porque "no sería consecuente con mi conducta y mis ideales, si mantuviera la dignidad (de senador vitalicio), imposibilitado como me encuentro...".

El ex general comenzó a gestar su decisión horas después de que el máximo tribunal pusiera fin al proceso en su contra. Posteriormente citó en su residencia al cardenal arzobispo de Santiago, Francisco Javier Errázuriz, en cuya presencia firmó su carta de renuncia. Acto seguido, el purpurado se trasladó hasta las dependencias del Senado en Santiago, para entregar allí el documento al presidente de la Corporación, Andrés Zaldívar.