En abril, el ministro de fuero Alejandro Solís dictó el sobreseimiento definitivo de Pinochet en el caso sobre el asesinato del ex comandante en jefe del Ejército Carlos Prats y su esposa, Sofía Cuthbert, ocurrido en Argentina en 1974.

Al mes siguiente, el ex uniformado sufrió una nueva crisis de salud y debió ser trasladado al Hospital Militar, luego de sufrir un desmayo a causa de una disminución en la irrigación sanguínea.

El 7 de junio, el pleno de la Corte de Apelaciones resolvió desaforarlo en el marco de la investigación por las cuentas secretas en el Banco Riggs. Sin embargo, el mismo día la Cuarta Sala del tribunal de alzada revocó el encausamiento que pesaba sobre él por el caso Operación Cóndor.

Dos semanas después, Pinochet nuevamente debió ser internado en el Hospital Militar, luego de sufrir dos desmayos consecutivos mientras tomaba desayuno en su hogar.

A comienzos de julio, la justicia le quitó su inmunidad por quinta vez en el marco de la denominada Operación Colombo. Un mes después, su esposa y su hijo Marco Antonio fueron procesados como cómplices de fraude tributario, quedando detenidos en el Hospital Militar y en el anexo Cárcel Capuchinos respectivamente.

En octubre, el Pleno de la Corte Suprema confirmó su desafuero por cuatro ilícitos investigados en el marco del caso "Riggs" y durante noviembre fue interrogado en diversas oportunidades por los ministros Carlos Cerda y Víctor Montiglio. Este último ordenó un careo entre el retirado militar y el ex director de la Dina Manuel Contreras, que se llevó a cabo el 18 del mismo mes en el Club Militar de Lo Curro.

Cinco días después, el juez Cerda decretó su procesamiento y arresto domiciliario, como presunto autor de cuatro delitos en el marco de la investigación por las cuentas secretas en el Banco Riggs. Pinochet recuperó su libertad tras pagar una fianza de $6 millones.

También en noviembre, el ex Mandatario fue procesado y declarado reo por el ministro Montiglio por su responsabilidad en el denominado caso "Operación Colombo". El 28 de diciembre, Pinochet fue prontuariado en su casa en La Dehesa.

En enero de 2006, el Pleno de la Corte de Apelaciones de Santiago resolvió desaforarlo en el proceso por secuestros y torturas en Villa Grimaldi.

Sin embargo, la situación judicial de Inés Lucía se complicó luego de que ésta decidiera viajar a Estados Unidos, donde solicitó asilo político. Su estadía en el país del norte se prolongó sólo por dos días y luego regresó a Chile donde permaneció detenida en la Escuela de Gendarmería hasta el pago de su fianza.

En abril, la Quinta Sala de la Corte de Apelaciones de Santiago revocó dos de los cuatro delitos por los que Pinochet estaba procesado en el marco del caso "Riggs".

En mayo, el general (r) es procesado como autor de secuestro calificado de Arturo Barría Araneda, una víctima del Caso Operación Colombo. Pinochet queda detenido, pero recupera su libertad a comienzos de junio.

El 18 de agosto, Pinochet fue privado de su inmunidad por el delito de malversación de caudales públicos en el marco de la investigación del caso Riggs.

En septiembre y octubre, la Justicia decretó dos nuevos desafueros del ex gobernante: por secuestros y torturas en Villa Grimaldi, y asociación ilícita y secuestro en el caso Berríos.

A fines de octubre la prensa publicó la información sobre la detección de depósitos por nueve mil kilos de oro a nombre de Augusto Pinochet, en el banco Hongkong & Shanghai Banking (HSBC). Finalmente, la institución confirmó que los documentos son falsos y que el ex militar no registra cuentas bancarias a su nombre.

El 8 de noviembre, la Corte de Apelaciones decide desaforar al ex mandatario por su presunta responsabilidad en el secuestro del sacerdote español Antonio Llidó.