En este sentido, diversas cartas pastorales y declaraciones del prelado molestaron a Pinochet, a pesar de lo cual éste siempre expresó en forma reiterada su respeto por la Iglesia.

La visita a Chile del Papa Juan Pablo II en abril de 1987, sirvió al general para destacar ante el mundo su afán de acercamiento a la Iglesia, aunque también se utilizó para acentuar las críticas al régimen por parte de sus opositores.

Pero no sólo los oponentes al régimen militar vieron afectadas sus garantías. Tres hechos complicarían al Gobierno durante sus primeros años.

El primero es la muerte del ex comandante en jefe del Ejército Carlos Prats y su esposa Sofía Cuthbert, en Buenos Aires, Argentina, el 29 de septiembre de 1974, a consecuencia de una bomba instalada en su automóvil.

Un segundo hecho que comprometió al régimen fue el asesinato del diplomático español Carmelo Soria, en junio de 1976. Su cuerpo, torturado y estrangulado, fue encontrado en un canal el 16 de julio. Su muerte ocurrió en manos de agentes de la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA).

Estos hechos sumados a los testimonios de ex detenidos y exiliados del gobierno militar, influyeron directamente en la durísima condena aprobada en diciembre de 1977 por la Organización de Naciones Unidas (ONU), debido al "incumplimiento de promesas del Gobierno chileno de que mejoraría la situación de los derechos humanos".