El 9 de abril de 2018 la Fiscalía colombiana detuvo en Bogotá a Santrich por solicitud de la Justicia de Estados Unidos, que lo pidió en extradición, según dijo entonces el fiscal Martínez, por tener "un acuerdo para exportar diez toneladas de cocaína" a ese país.
Junto a Santrich fueron capturadas otras tres personas, una de las cuales es Marlon Marín, sobrino del número dos de la antigua guerrilla, Iván Márquez. Días después, Marín aceptó colaborar con la justicia y fue trasladado a EE.UU., en calidad de testigo.
El partido político FARC siempre alegó que la detención, según Martínez basada en "pruebas contundentes y concluyentes", era un "montaje" que generaba "una gran desconfianza" de todos los ex guerrilleros en el cumplimiento del acuerdo de paz firmado en noviembre de 2016.
Inmediatamente después de su detención, Santrich inició una huelga de hambre que se prolongó por 41 días, hasta el 19 de mayo.
En ese periodo fue trasladado de la cárcel bogotana de La Picota al hospital El Tunal y luego a la Fundación Caminos de Libertad, de la Conferencia Episcopal Colombiana.
El 8 de junio de 2018 el Gobierno estadounidense anunció que había solicitado formalmente a las autoridades colombianas la extradición de Santrich.
Según el Departamento de Estado, la "conducta delictiva" del ex jefe guerrillero ocurrió después de que entrara en vigor el acuerdo de paz con las FARC, con lo cual los cargos en su contra quedaban fuera del alcance de la JEP.
Santrich iba a ocupar uno de los cinco escaños asignados al partido FARC en la Cámara de Representantes en virtud de lo pactado en el acuerdo de paz, pero el 20 de julio, fecha en que comenzó el periodo legislativo, no pudo hacerlo por estar detenido.
Según juristas, una vez recupere la libertad puede solicitar su investidura como congresista ya que no perdió el escaño, que ha sido ocupado por un suplente.
En el Senado tampoco asumió Iván Márquez, alegando falta de garantías jurídicas por la detención de Santrich. Márquez se juntó a otros ex guerrilleros en el Espacio Territorial de Capacitación y Reincoporación (ETCR) de Miravalle, en el sur del país, donde se perdió su rastro.
La JEP solicitó el 23 de octubre del año pasado al Gobierno de Estados Unidos una "colaboración para la obtención de material probatorio necesario para definir la situación" de Santrich, pero la carta con el pedido nunca llegó a su destino ya que se extravió en el correo ordinario y apareció a comienzos de este año en un centro de distribución en Panamá.
Ante esa inusual situación, el tribunal dio 20 días de plazo para que EE.UU. enviara las pruebas contra Santrich, al tiempo que la Fiscalía revelaba imágenes en las que se le veía reunido con una persona identificada como enviado de un cartel de las drogas mexicano.
La Procuraduría General (Ministerio Público) radicó en marzo pasado ante la JEP sus conclusiones sobre el caso Santrich y en ellas se mostró a favor de que se diera el visto bueno a su extradición a EE.UU.
Este miércoles, tras conocer la decisión del tribunal de denegar la extradición, el procurador general, Fernando Carrillo, dijo que apelará porque considera que la Corte Suprema de Justicia debe continuar con la investigación, pues los hechos de los que se le acusa "ocurrieron con posterioridad a la firma del acuerdo de paz".
La Corte Suprema de Justicia rechazó en tres oportunidades los recursos de "habeas corpus" presentados por la defensa de Santrich para conseguir su libertad.
El pasado 17 de agosto el magistrado de la Sala de Casación Laboral Rigoberto Echeverri Bueno confirmó que la Fiscalía tenía la potestad de mantener detenido a Santrich mientras la JEP definía su situación.
El Juzgado 10 de Ejecución de Penas y Medidas de Seguridad de Bogotá también le negó otro recurso de "habeas corpus".
Un año, un mes y seis días después de la detención, la JEP dio a Santrich la garantía de que no será extraditado porque considera que "con las pruebas aportadas no se puede evaluar la conducta atribuida (...) ni tampoco determinar la fecha precisa de su realización".
Por lo anterior, el tribunal ordenó a la Fiscalía "disponer la libertad inmediata" del detenido.