La vieja república está entrando en crisis, las intrigas del senador Palpatine han encaminado a la galaxia hacía un enfrentamiento que tiene un solo objetivo: darle a él todo el poder político para que pueda instaurar su siniestro Imperio.



Un deseo que sólo cumplirá si saca de su camino a Padmé Amidala, que ha dejado de ser reina de Naboo y ahora es su nueva representante en el senado galáctico, por lo que contrata a Jango Fett, un caza recompensas, para que la elimine.

Fett lo intenta dos veces sin éxito, la primera por un hábil engaño de Padmé, que utiliza dobles cuando viaja, y la segunda gracias a la oportuna intervención de Anakin Skywalker, quien regresa convertido en un joven aprendiz de Jedi que aún no puede olvidar a la dulce reina que lo encandiló cuando aún era un niño en el episodio I.

Los intentos de eliminar a Padmé permiten que parte del oscuro plan de Palpatine se comience a conocer y aparezca un nuevo Jedi renegado al juego: el Conde Dooku.

Uno de los secretos que se conoce en este episodio es el de la existencia de un gran ejército de soldados clónicos, hechos a partir de los genes de Jango Fett y desarrollados en un sofisticado laboratorio que está en el planeta Kamino.

Existen otras revelaciones sobre este episodio que circulan entre los fanáticos de la serie. La primera es que Lucas habría pensado llamarla en algún momento “Rise of the Empire” (Nacimiento del Imperio).